Jaunimo reikalų agentūra veikia tokiose srityse:

- Darbas su jaunimu: atvirų jaunimo centrų, atvirų jaunimo erdvių palaikymas, jaunimo darbuotojų kompetencijų kėlimas, mobiliojo darbo su jaunimu, darbo su jaunimu gatvėje palaikymas, jaunimo informavimas ir konsultavimas, darbo su jaunimo tarybos veiklos koordinavimas bei kitų darbo su jaunimu formų įgyvendinimas.
- Jaunimo įgalinimas ir dalyvavimas: darbas su savivaldybių jaunimo organizacijų tarybomis, darbas su savivaldybių jaunimo reikalų tarybomis, darbas su nacionalinėmis jaunimo organizacijomis, darbas su jaunimo organizacijomis, bendradarbiavimas su Lietuvos jaunimo organizacijų taryba ir Pasaulio lietuvių jaunimo sąjunga.
- Jaunimo savanoriška tarnyba: jaunimo savanoriškos tarnybos modelio koordinavimas ir jaunimo savanoriškos veiklos skatinimas.
- Tarptautinė jaunimo politika: Lietuvos - Lenkijos jaunimo mainų fondas, Lietuvos - Ukrainos jaunimo mainų fondas, dvišaliai susitarimai, Rytų partnerystės veiklos, programos „Globali Lietuva“ įgyvendinimas, Europos solidarumo korpusas, Erasmus + programa bei kiti tarptautiniai įsipareigojimai.
- Tarpžinybinis bendradarbiavimas: jaunimo tyrėjų tinklo veiklos koordinavimas, nacionalinės Jaunimo reikalų tarybos veiklos administravimas, bendradarbiavimas su kitomis įstaigomis, profesinis orientavimas, emocinė pagalba, psichinė ir fizinė jaunimo sveikata, verslumo skatinimo programos, socialinės paslaugos, vaikų neformalus švietimas ir kitos tarpsektorinės temos.